بر اساس پژوهش‌های انجام شده، قدیمی‌ترین قبرهای متعلق به قبرستان ارمنیان جلفا، متعلق به سال ۱۵۵۱ میلادی است. قبرستانی با مساحتی حدود ۳۰ هکتار با بیش از ۵۰ هزار قبر. به گفتۀ برخی محققان به همین تعداد قبر دیگر نیز در این گورستان وجود داشته که یا در اثر اتفاقات از بین رفته یا زیر قبرهای دیگر مدفون شده‌اند.
محلی‌ها می‌گویند در طول پنج قرنی که این گورستان محل دفن مردگان محلی بوده، حوادثِ زیادی در این مکان رخ می‌دهد؛ به عنوان مثال در ۱۹۳۶ میلادی زمانی که رضاخان برای بازدید از سربازخانه ارتش در اصفهان باید از مسیر قبرستان عبور می‌کرد، جاده‌ای از وسط قبرستان در نظر می‌گیرند و برای این که شاه از میان قبرها عبور نکند، سنگ قبرها از زمین کنده شده و به اطراف منتقل می‌شوند و سپس دیواری با ارتفاع دو متر در دو طرف جاده کشیده می‌شود. این اقدام را یکی از تخریب‌های بزرگ رخ داده در این قبرستان می‌دانند.
به جز خاکسپاری ارامنه در این قبرستان، شخصیت‌های دیگری مانند «یوهان نورتمبر» فرستاده انگلستان در دربار شاه عباس اول، «یوهان رودلف اشتیندلر» ساعت‌ساز معروف دوره صفوی، «ارنست هولتسر» رئیس تلگرافخانه انگلیس در اصفهان و از پیشگامان عکاسی قرن نوزدهم و تعداد زیادی از آوارگان لهستانی که در بین سال‌های ۱۹۴۲ تا ۱۹۴۵ میلادی در دوران بحران ناشی از جنگ جهانی دوم به ایران آمدند و در اصفهان ساکن شدند، در این قبرستان به خاک سپرده شدند.
