کارشناسان زمین شناسی و سازه بعد از تاثیرات فرونشست بر مجموعه تاریخی میدان نقش جهان و پل‌های تاریخی، این بار برای مسجد سید اصفهان ابراز نگرانی کرده‌اند. شرایط نگران‌کننده آبخوان اصفهان باعث ایجاد عوارض فرونشست به شکل شکاف‌ها و ترک‌ها بر پیکر این اثر تاریخی شاخص و قاجاری اصفهان شده است.
