۱. مخالفت حکومت ها: همان طور که گفته شد هدف اصلی بیت‌کوین حذف واسطه مثل بانک های مرکزی است. اما قرار نیست دولت ها به راحتی با این موضوع کنار بیایند و قطعا وجود بیت‌کوین منافع آنها را در معرض ریسک قرار می دهد. بنابراین تلاش کشورها برای سرکوب بیت‌کوین می تواند از مهم ترین چالش های پیش روی بیت‌کوین باشد.
۲. عرضه محدود بیت‌کوین: شاید عرضه محدود بیت کوین هم نقطه قوت باشد هم نقطه ضعف. نقطه قوت این است که مانند پول بی رویه چاپ نمی شود و خاصیت ضد تورمی دارد. نقطه ضعف این است زمانی که عرضه بیت‌کوین تمام شود ممکن است نهنگ ها که بیشترین بیت‌کوین را در سبد خود دارند، بیت‌کوین های خود را عرضه نکنند و محدود کردن عرضه نوعی ایراد محسوب می شود چون باعث می شود ارزش بیت‌کوین به شدت بالا برود و در اوج قیمتی با عرضه های ناگهانی نهنگ ها نوسانات شدیدی به وجود آورد که تنها پیروزهای میدان نهنگ ها هستند و تمام جامعه خرد متضرر می شوند. این ویژگی به نوعی با خاصیت غیر متمرکز بودن بیت‌کوین در تناقض است.
۳. سرعت پایین تراکنش ها: اگر به بیت‌کوین به عنوان یک وسیله پرداخت مثل پول نگاه کنیم، می توان گفت مهم ترین ویژگی یک وسیله مبادله باید سرعت بالای آن باشد که بیت‌کوین به شدت سرعت تراکنش پایینی دارد؛ به گونه ای که در یک ثانیه فقط می تواند ۷ تراکنش را انجام دهد در حالی که شرکتی مثل ویزا می تواند ۲۰ هزار تراکنش در ثانیه را تایید کند( به همین دلیل اتریوم با ۱۵ تراکنش در ثانیه و سولانا با ۵۰ هزار تراکنش در ثانیه به وجود آمده اند).
۴. برگشت ناپذیری تراکنش ها: اغلب طرفداران بیت‌کوین از برگشت ناپذیری تراکنش‌های بیت‌کوین به عنوان مزیت یاد می‌کنند اما گروهی هم آن را عیب بزرگی می‌دانند. به محض آنکه یک تراکنش بیت‌کوین تایید و تکمیل شود، امکان بازگشت وجه وجود نخواهد داشت.
۵. احتمال پولشویی و کلاهبردای: به دلیل ناشناس بودن تراکنش های افراد در معاملات، بسیاری از کلاهبران می توانند از این فرصت استفاده کنند و از این رمزارز برای حملات سایبری، معاملات مواد مخدر و قاچاق سلاح در بازارهای سیاه استفاده شود. در حال حاضر بانک‌های مرکزی و قانون‌گذاران در سطح جهان، قوانین مشخص و شفافی را در حوزه بیت‌کوین و فعالیت‌های پیرامون بیت‌کوین تدوین نکرده‌اند.
